वाई गुण सूत्र किसी भी स्तनधारी श्रेणी के जानवर (जिसमें मनुष्य भी शामिल हैं) में लिंग की पहचान देने वाला एक गुण सूत्र है। इन जीवों में केवल ऐसे दो लिंग-भेद करने वाले गुण सूत्र होते हैं - एक्स गुण सूत्र और वाई गुण सूत्र। इनका नाम अंग्रेज़ी के "X" और "Y" अक्षरों पर पड़ा है क्योंकि इनके आकार उनसे मिलते-जुलते हैं। नरों में एक वाई और एक एक्स गुण सूत्र होता है, जबकि मादाओं में दो एक्स गुण सूत्र होते हैं। साधारण तौर पर किसी भी पिता का यह इकलौता वाई गुण सूत्र बिना किसी बदलाव के उसके पुत्रों में जाता है। इसलिए वाई गुण सूत्र के अध्ययन से किसी भी पुरुष के पितृवंश समूह का पता लगाया जा सकता है। वाई गुण सूत्र पर एक एस॰आर॰वाई॰ (SRY) नाम की जीन मौजूद होती है जो नर की विकास-आयु में शरीर को अंडकोषों को विकसित करने का आदेश देती है।
अन्य भाषाओँ में
अंग्रेज़ी में 'वाई गुण सूत्र' को 'वाय क्रोमोज़ोम' (Y chromosome) कहते हैं।