मानव सूक्ष्मजीवजात (human Microbiome) से अभिप्राय उन सभी सूक्ष्मजीवजात के समुच्चय है जो मानव ऊतकों और जैवतरलों के अन्दर भीतर रहते हैं। इसमें त्वचा, स्तन ग्रंथियां, वीर्य द्रव, गर्भाशय, डिम्बग्रंथि के रोम, फेफड़े, लार, मौखिक श्लेष्मा, नेत्रश्लेष्मला, पित्त पथ, और जठरांत्र संबंधी मार्ग आदि स्थान भी शामिल हैं जिनमें वे सूक्ष्मजीवजात रहते हैं। मानव सूक्ष्मजीवजात के प्रकारों में बैक्टीरिया, आर्किया, कवक, प्रोटिस्ट और वायरस शामिल हैं। हालांकि सूक्ष्म जन्तु भी मानव शरीर पर रह सकते हैं, किन्तु उन्हें आमतौर पर इस परिभाषा से बाहर रखा जाता है।